A mobilitás eltolódási vizsgálata?
Pontszám: 4,2/5 ( 3 szavazat )Az elektroforézis mobilitási eltolódási vizsgálat (EMSA) egy gyors és érzékeny módszer a fehérje-nukleinsav kölcsönhatások kimutatására 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 . Azon a megfigyelésen alapul, hogy a fehérje-nukleinsav komplex elektroforetikus mobilitása jellemzően kisebb, mint a szabad nukleinsavé (1. ábra).
Mire használható a mobilitáseltolódási vizsgálat?
Az elektroforetikus mobilitási eltolódási vizsgálat (EMSA), amely az egyik legérzékenyebb módszer a fehérje DNS-kötő tulajdonságainak tanulmányozására, felhasználható egy fehérje kötődési paramétereinek és relatív affinitásának következtetésére egy vagy több DNS-helyhez, vagy összehasonlítható különböző fehérjék affinitása ugyanazon helyekhez 1 .
Milyen korlátai vannak a géleltolási vizsgálatnak?
A géleltolási teszt nem tudja azonosítani azt a helyet, ahol a fehérje kötődik a DNS mentén . Ezenkívül ez a vizsgálat nem használható annak meghatározására, hogy az eltolódott sávot két fehérje okozza-e, amely ugyanazon DNS-fragmens két különböző helyéhez kötődik.
Hogyan működik az EMSA vizsgálat?
Az EMSA technika azon a megfigyelésen alapul, hogy a fehérje-DNS komplexek lassabban vándorolnak, mint a szabad lineáris DNS-fragmensek, ha nem denaturáló poliakrilamid- vagy agarózgél-elektroforézisnek vetik alá őket . ... A lineáris DNS-fragmenseken képződött fehérje-DNS komplexek a gélben a jellegzetes retardált mobilitást eredményezik.
Használható az EMSA RNS-hez?
Az RNS/fehérje kölcsönhatásokat az EMSA akár 0,1 nM vagy annál kisebb koncentrációban is kimutathatja, és a kötési feltételek széles tartományában (pH 4,0-9,5, monovalens sókoncentráció 1-300 mM és hőmérséklet 0-60 °C).
EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay) 5.36. ábra
Mi az elektroforetikus mobilitás mértékegysége?
Azt a többletmozgást, amelyet a részecskék az elektromos tér megtapasztalása következtében mutatnak, elektroforetikus mobilitásnak nevezzük. Tipikus mértékegységei a μm·cm / V·s (mikrométer centiméter per Volt másodperc) , mivel ez a sebesség [μm/s] térerőnként [V/cm].
Mit értesz elektroforetikus mobilitás alatt?
Az elektroforetikus mobilitás az oldott anyag reakciója az alkalmazott elektromos térre, amelyben a kationok a negatív töltésű katód felé, az anionok a pozitív töltésű anód felé mozognak, és a semleges anyagok mozdulatlanok maradnak.
Mi az elektrofil mobilitás?
e·lec·tro·pho·re·sis Töltött kolloid részecskék vagy molekulák vándorlása álló közegben, általában bemerített elektródák által biztosított elektromos tér hatására .
Miért használnak antitesteket az EMSA-ban?
Egy antitest stabilizálni tudja a fehérje-DNS-t is ... ... az EMSA gélképen megfigyelt fehérje-DNS komplex mennyiségét (2A. ábra). ... Egy antitest stabilizálni tudja a fehérje-DNS kölcsönhatást is azáltal, hogy stabilizálja a fehérjét egy kötőkompetens konformációban.
Mit tesztel az EMSA?
Az elektroforetikus mobilitás-eltolódási vizsgálat (EMSA) egy gyors és érzékeny módszer a fehérje - nukleinsav kölcsönhatások kimutatására 1-6 . Azon a megfigyelésen alapul, hogy a fehérje-nukleinsav komplex elektroforetikus mobilitása jellemzően kisebb, mint a szabad nukleinsavé (1. ábra).
Mi az a poly dI dC?
A poli(dezoxiinozin-dezoxicitidil)sav (Poly(dI-dC) • Poli(dI-dC)) egy váltakozó kopolimer, amelyet DNS-szubsztrátként használnak a DNS-metiltranszfeázok, például a DNS-metil-transzferáz 1 értékelésére, valamint kétszálú DNS-modellként. DNS szerkezeti dinamika és gyógyszer, kis molekula, kölcsönhatások konformációs vizsgálatához.
Mi az EMSA Supershift?
Az EMSA szupereltolódás egy EMSA-kísérlet, amelyet egy harmadik, radioaktívan jelölt nukleinsavval, fehérjekeverékkel és egy specifikus fehérje ellenanyagával töltött sáv használatával hajtanak végre . Ha extra retardáció figyelhető meg, ez egy nagyobb, az antitestet tartalmazó komplex képződésének köszönhető.
Az alábbi tényezők közül melyik nem befolyásolja az elektroforetikus mobilitást a gél mobilitáseltolódási vizsgálatában?
Az alábbi tényezők közül melyik nem befolyásolja az elektroforetikus mobilitást? Magyarázat: A molekulák sztereokémiája nincs hatással az elektroforetikus mobilitásra, mivel a sebességtől és az intenzitástól függ, nem pedig az allignációtól.
Miért használják az EMSA-t?
A gélelektroforézis mobilitási eltolódási vizsgálatot (EMSA) a nukleinsavakkal képzett fehérjekomplexek kimutatására használják . Ez az alapvető technológia, amely a kölcsönható rendszerek jellemzésére szolgáló kvalitatív és kvantitatív elemzések széles skálájának hátterében áll.
Az EMSA in vitro?
Így az EMSA egy SELEX-kísérlet részeként is használható olyan oligonukleotidok kiválasztására, amelyek valóban kötődnek egy adott fehérjéhez. Miután a DNS-fehérje kötődést in vitro meghatároztuk, számos algoritmus szűkítheti a transzkripciós faktor azonosítására irányuló keresést.
Mi az immunprecipitációs vizsgálat?
A kromatin immunprecipitációs (ChIP) vizsgálatokat a genom azon régióinak azonosítására végezzük, amelyekhez DNS-kötő fehérjék , például transzkripciós faktorok és hisztonok társulnak. A ChIP vizsgálatok során a DNS-hez kötődő fehérjék átmenetileg térhálósodnak, és a DNS-t a sejtlízis előtt lenyírják.
Milyen tényezők befolyásolják az elektroforetikus mobilitást?
Kimutatták, hogy olyan tényezők, mint a detergens és pufferrendszer megválasztása, valamint a karbamid jelenléte az elválasztó gélben , mind befolyásolják a detergens-fehérje komplexek töltését és/vagy konfigurációját, és különböző mértékben befolyásolják e komplexek relatív migrációját.
Mi befolyásolja az elektroforetikus mobilitást?
(3) pH és egyéb kémiai jellemzők – Az elektroforetikus mobilitást nagymértékben befolyásolja a puffer pH-ja , különösen, ha a minta gyenge sav vagy gyenge bázis, mivel a pH határozza meg az ionizációs fokát.
Hogyan számítják ki az elektroforetikus mobilitást?
A látszólagos szabad elektroforetikus mobilitást a [25] egyenlet alkalmazásával kaphatjuk meg ( μ ( mm s − 1 ) = h × T max δ ) . Különböző markerfehérjék és öt különböző emlős karboanhidráz szabad elektroforetikus mobilitását ezekkel az eljárásokkal számítottuk a 6. táblázatban.
Melyik a legnagyobb elektroforetikus mobilitás?
A három fluoreszcens faj közül a kötetlen 16mer* rendelkezett a legnagyobb effektív negatív töltéssel, és így a legnagyobb elektroforetikus mobilitással a pozitív (injekciós) vég felé, ami megfelel a detektálási ablakig való leghosszabb migrációs időnek (3,4 perc).
Mi az elektroforetikus hatás?
Az elektroforetikus hatás az oldószermolekulák hatása egy adott ion mozgására az oldatban . Ez egy fontos tényező, amely lelassíthatja az ionok mozgását az oldaton belül.
Mi a szerepe az APS-nek az SDS PAGE-ban?
A Thermo Scientific Pierce Ammónium-perszulfát (APS) egy oxidálószer , amelyet a TEMED-mel együtt használnak akrilamid és biszakrilamid polimerizációjának katalizálására, hogy poliakrilamid géleket készítsenek elektroforézishez.
Mi a súrlódási tényező az elektroforézisben?
A súrlódási együttható a csúszó test súrlódási és normál erőinek aránya . Vegye figyelembe, hogy µ az elektroforetikus mobilitás szimbóluma is. ... A z szimbólumot egy ion töltésszámára is használják. pH-gradiens (m-1) A pH-gradiens a pH-nak a távolságtól való eltérése (dpH/dl).
Mi a kapcsolat az elektroforetikus mobilitás és az elektroforetikus sebesség között?
Az elektroforetikus sebesség a vándorlási távolság osztva az idővel, más néven vándorlási sebesség. A mobilitásokat néha negatív előjellel fejezik ki, mivel az oldott anyagok vagy részecskék vándorlása általában az elektroforetikus térrel ellentétes irányban történik (ezt referenciaként tekintjük).