Hogyan válasszunk ki bizonyos maradékokat a kimérában?
Pontszám: 4,6/5 ( 38 szavazat )Hogyan válassz ki több maradékot a VMD-ben?
A maradékok kijelölésének megszüntetéséhez használja az egér jobb gombját. Ha a Shift billentyűt lenyomva tartja az egérgombot , akkor egyszerre több maradékot is kiválaszthat. Nézze meg a 48., 63., 11. és 29. (e) maradékokat.
Hogyan lehet címkézni a kiméramaradékot?
Válassza ki a kívánt maradékot, majd lépjen a Műveletek -> Címkék menüpontra, és ennek megfelelően címkézze fel. A maradványok kiválasztásához el kell rejtenie a felületet, hacsak nem programozottan alkalmazza a címkéket.
Mitől lesz kiméra?
Az állati kiméra egyetlen organizmus, amely két vagy több különböző, genetikailag eltérő sejtpopulációból áll , amelyek az ivaros szaporodásban részt vevő különböző zigótákból származnak.
Mik azok a VMD megjelenítési módszerek?
A VMD a módszerek széles skáláját kínálja a molekulák renderelésére és színezésére: egyszerű pontok és vonalak , CPK gömbök és hengerek, édesgyökér kötések, gerinccsövek és szalagok, rajzfilm rajzok és egyebek. A VMD használható a molekuláris dinamikai (MD) szimuláció pályájának animálására és elemzésére.
UCSFChimera: Az atomok, maradékok és láncok kiválasztása
Hogyan mozgatja a molekulákat a VMD-ben?
A molekula ön felé vagy tőle távolabb mozgatásához tartsa lenyomva a középső gombot, és mozgassa az egeret jobbra vagy balra . A bal vagy a középső gomb lenyomásával és jobbra mozgatásával a molekulák megnagyobbodnak, az egér balra mozgatásával pedig összezsugorodik.
Hogyan használhatom a VMD-t?
- VMD-munkamenet indítása. A VMD főablakában válassza a Fájl → Új molekula… menüpontot (2(a) ábra). ...
- A Tallózás… (2(c) ábra) gombbal keresse meg az 1ubq fájlt. pdb. ...
- Most az ubiquitin megjelenik az OpenGL Display ablakában. Zárja be a Molecule File Browser ablakot bármikor.
Hogyan kaphat Rmsd-t kimérában?
A Chimerában végrehajthatja az RMSD-t, először előkészítheti a fehérjét a DOCKPREP opcióval , majd dokkolást hajthat végre, majd végrehajthatja az RMSD-t a kapott komplexen a Match Maker opcióval.
Hogyan lehet elrejteni a láncot a kimérán?
Több lánc egyszerű kiválasztásához válassza a > Kijelölési mód > hozzáfűzés lehetőséget. Válasszon ki egyet a hemoglobinszerkezet A, B, C lánca szerint. elrejteni őket: ehhez 2 lépésre lesz szükség. Műveletek > Szalag > elrejtés .
Hogyan jeleníti meg a hidrogéneket a kimérában?
- Először töltse be a célfehérje szerkezetét (itt az 1UBQ), majd lépjen az eszköztárba, keresse meg az „Eszközök” elemet, válassza a „Struktúra szerkesztése” lehetőséget, és a felugró alpanelen megjelenik az „AddH”. Válaszd ki.
- Az „AddH” gombra kattintva megjelenik az „Add hydrogens” ablak.
Hogyan igazíthatja a struktúrákat a VMD-ben?
Kattintson az Igazítás gombra . Kattintson a jobb gombbal az igazított szerkezetre (amely NEM referencia) a VMD főablakában, és válassza a Koordináták mentése… lehetőséget az új igazított szerkezet új fájlba mentéséhez.
Hogyan adjunk össze két molekulát?
Két molekula egyesítéséhez kötést hozhat létre két atom között, mindegyik molekulából egyet . A hátránya, hogy ez a módszer nem fogja megfelelően összehangolni az új molekula két részét. Ha az egyik molekula két vagy több atomot tartalmaz ugyanazon a helyen, mint a második molekula atomja, az eredmény nem könnyen megjósolható.
Hogyan jeleníthetek meg egy sorozatot VMD-ben?
Használja az Egér menüt a „Pick Atom” módba való belépéshez (vagy nyomja meg az „1”-t, a szokásos billentyűparancsot). Kattintson bármelyik fehérjeatomra vagy nukleinsavatomra, és annak maradéka kijelölődik, és a szekvencialista görgetni fog, hogy megjelenítse ezt a maradékot.
Mi a VMD teljes formája?
A Visual Molecular Dynamics (VMD) egy molekuláris modellező és vizualizációs számítógépes program. A VMD-t elsősorban a molekuladinamikai szimulációk eredményeinek megtekintésére és elemzésére szolgáló eszközként fejlesztették ki. Tartalmaz eszközöket is a volumetrikus adatokkal, sorozatadatokkal és tetszőleges grafikus objektumokkal való munkavégzéshez.
Hogyan változtathatom meg a hátteret a VMD-n?
Ha például a hátteret fehérre szeretné változtatni, válassza a „Kijelző” lehetőséget a bal oldali böngészőben, és a „Háttér” lehetőséget a középsőben. A jobb oldali böngésző jelzi az aktuális színt (amely kezdetben fekete a háttér). Görgessen végig a jobb oldali böngészőben, és válassza a fehéret a háttér megváltoztatásához.
Hogyan használhatom a Solvate-ot VMD-ben?
- Vízblokk koordináták (VMD) generálása
- Replikált vízblokk (psfgen)
- A vizesblokk és az oldott anyag kombinálása (psfgen)
- Hozzon létre egy EKT-t a kívánt vízzel (VMD)
- Egyesítse az oldott anyagot és a kivágott vizet (psfgen)
Hogyan címkézhetek fel egy kijelölést a PyMOL-ban?
Ha szeretné használni az egeret, beírhatja az edit_mode és a ctrl-left_click parancsot a címkék körbehúzásához; A ctrl-shift-left_click segítségével a címkéket a z irányba mozgathatja.
Hogyan mérik a PyMOL-t?
A távolságok méréséhez válassza a „Varázsló → Mérés” lehetőséget a külső grafikus felület ablakában . Néhány opció megjelenik az objektumlistában (5. ábra). 5. ábra Távolságmérés lehetőségei PyMOL-ban.