Hogyan válasszunk atomokat a pimolban?
Pontszám: 4,8/5 ( 65 szavazat )Ha bal gombbal kattint és felenged egy atomon a bal gombbal, a PyMOL-nak alapértelmezés szerint a teljes maradékot ki kell jelölnie: Ez egy „(sele)” bejegyzést hoz létre a vezérlőpulton, amely a felugró gombbal módosítható. -felső menük.
Hogyan választja ki a dolgokat a PyMOL-ban?
- Használat. név kiválasztása, kijelölés [, engedélyezése [, csendes [, egyesítése [, állapot [, domain ]]]]]
- Érvek. név = a kijelölés egyedi neve. ...
- Példák. select chA, chain A select ( resn his ) select near142, resi 142 around 5.
- Megjegyzések. ...
- Lásd még. ...
- Plusz.
Hogyan választja ki a kötvényeket a PyMOL-ban?
Könnyen létrehozhat új kötést, ha kiválaszt két atomot, mindegyiket a CTRL-KÖZÉPES-EGÉR-GOMB segítségével, és beírja a "bond" parancsot a parancssorba .
Hogyan válasszunk ki egy adott aminosavat a PyMOL-ban?
– a „megjelenítés” menüben válassza ki a „szekvencia be” menüpontot . A szerkezet felett egy oszlop jelenik meg, amely az ablakban lévő összes fehérjelánc aminosavszekvenciáját mutatja. Az opció-shift használatával válassza ki az összes aa-t egy lánchoz.
Hogyan válasszunk ki egy szekvenciát a PyMOL-ban?
- Töltsd fel a fehérje szerkezetét a pimolba.
- Kattintson az 'S' gombra az aminosavszekvencia betöltéséhez.
- Keresse meg a megtekinteni kívánt aminosav-szekvenciát, és válassza ki azokat.
- megváltoztathatja a színüket vagy megjelenési módjukat (például rajzfilm, gömbök, szalagok, pálcikák, felület stb.)
Maradékok/atomok kiválasztása Pymolban
Hogyan választja ki a ligandumokat a PyMOL-ban?
Jelenítse meg a molekulát a PyMOL-on belül, és használja a Preset>Pretty módot egy szalagdiagram létrehozásához. Színezd ki ezt lánccal. Ebben a szakaszban a megkötött ligandumot csak egy apró molekulaként láthatja – minden polipeptidlánchoz egy kötődik. Most válassza a Megjelenítés menüt az oldal tetején, és válassza ki a sorozat opciót.
Hogyan mérik a PyMOL-t?
A távolságok méréséhez válassza a „Varázsló → Mérés” lehetőséget a külső grafikus felület ablakában . Néhány opció megjelenik az objektumlistában (5. ábra). 5. ábra Távolságmérés lehetőségei PyMOL-ban.
Mi a CA a PyMOL-ban?
PyMOL> color red , name ca # Csak a # c-alfa nevű atom reprezentációja színezett piros. Ha olyan parancsot ír be, amelynek több argumentuma, színe-neve, kijelölés-kifejezése van, ebben az esetben vesszővel kell elválasztani az argumentumokat. A kijelölés-kifejezések a kulcsszóargumentum alapvető típusai.
Hogyan változtathatom meg a kiválasztási módot a PyMOL-ban?
Alternatív kijelölési módok Ha rákattint a „Kiválasztás: Maradékok ” feliratra, az alábbi elérhető kiválasztási módok között lépkedhet. Ezek a módok a „Kiválasztási mód” alatti „Egér” menüből is elérhetők.
Hogyan mozgatja az atomokat a PyMOL-ban?
Próbálja ki – A Szerkesztési mód használatával az atomok mozgatásához most állítsa az egér módot Szerkesztésre, és a CTRL-bal billentyűvel húzza az atomot. Az atom az egérrel nem fizikailag, de megfelelő módon mozog, az egérrel követve. A mozgás visszavonásához írja be a visszavonást, és nyomja le az enter billentyűt a PyMOL parancssorba.
Hogyan színezi az atomokat a PyMOL-ban?
A PyMOL bármely molekulájához hozzárendelhető egy szín az objektumlista jobb szélső kis gombjaival (a fő grafikus felhasználói felület jobb felső részén. A Color parancs is ugyanezt teszi. A PyMOL előre meghatározott színkészlettel rendelkezik, amelyek szerkeszthetők a Beállítások->Színek menüben.
Hogyan futtathatok PyMOL szkriptet?
- Töltsön be egy fehérjeszerkezetet, például a PyMOL parancssorba beírva: fetch 1ubq.
- A bbPlane.py szkript hozzáadta az új bbPlane parancsot a PyMOL-hoz, írja be a PyMOL parancssorba, és nyomja meg az Enter bbPlane billentyűt.
Hogyan méri az átmérőt PyMOL-ban?
A PyMolban elérheti (a legfelső vezérlőpulton a Fájl, Szerkesztés stb. segítségével) Varázsló -> Mérés . Ezután egy menü jelenik meg az objektum ablaka alatt (jobb alsó ish). Ezután kattintson az alapértelmezett „Távolságok” gombra a távolságok, szögek, diéderek és egyebek közötti váltáshoz.
Hogyan mérünk szöget a PyMOL-ban?
A PyMOL lehetővé teszi a távolságok, szögek és diéderszögek mérését, valamint a szomszédok megtalálását. Ennek legegyszerűbb módja a Varázsló→Mérés menüpontra kattintva .
Hogyan mutálod a PyMOL-t?
- Töltsön be egy PDB fájlt.
- A Varázsló menüben válassza a Mutagenezis lehetőséget.
- A PyMol megjelenítő ablakban válasszon egy maradékot.
- Válassza a No Mutation lehetőséget, és válassza ki az eredményül kapott maradékot.
- Az Ön szerkezetéhez jobban illeszkedő rotamer kiválasztása. ...
- Válassza az Alkalmaz lehetőséget.
- Válassza a Kész lehetőséget.
Hogyan lehet ligandumokat kivonni a PyMOL-ban?
- kattintson az "S" gombra a néző jobb oldalán, hogy megjelenítse a fehérje és más atomok szekvenciáját (ligandumok, fématomok, ha vannak).
- jelölje ki az eltávolítani kívánt atomokat/maradékokat (a kijelölés típusát a megjelenítő jobb oldalán található "Kiválasztás" gombra kattintva módosíthatja)
Hogyan nevezzük el a kijelölést a PyMOL-ban?
A PyMOL-ban lévő kijelölések atomhalmazok, és az objektumvezérlő menü ( ) használatával különböztethetők meg az objektumoktól. Az alapértelmezett kijelölés a (kiválasztás) , amely automatikusan létrejön bármely atom vagy maradék kiválasztásakor. Egy második kijelölés elindításához nevezze át (válassza ki), törölje a kijelölést, majd indítson új kijelölést.
Hogyan nyithatom meg a PyMOL fájlokat?
A PyMOL -t elindíthatja az alkalmazások menüjéből vagy az asztalon lévő ikonról (ha elhelyezett egyet). Alternatív megoldásként, ha meg szeretné változtatni az adatok alapértelmezett könyvtárát, egyszerűen megadhatja az új alapértelmezett könyvtár elérési útját a Pymol elindításához használt "parancsikon" "Indítás" mezőjében.
Hogyan jeleníti meg az interakciókat a PyMOL-ban?
A PyMOL-ban a receptor-ligandum kölcsönhatás megfigyelésének legegyszerűbb módja! (1) Töltse be a komplexumot . (2) Víz stb. elrejtése a láthatóság javítása érdekében... (3) Kattintson a művelet gombra (A), és görgessen le az előre beállított értékekhez, amelyek átvezetnek egy másik listára, ahol megtalálja a "ligandum helyeket".
Hogyan menthet el egy kijelölést a PyMOL-ban?
- Lépjen a Molekula mentése lehetőségre.
- Jelölje ki a menteni kívánt objektumot, hagyja a többi beállítást (jelen esetben), mondjon OK-t.
- Válassza ki a célmappát, válassza ki a formátumot, nevezze el a fájlt, majd MENTÉS.