gobertpartners.com

A gromacs működik windowson?

Pontszám: 5/5 ( 4 szavazat )

A Gromacs 4.5 megjelenésével. 1, a Cygwin nélküli Windows rendszerre építés lényegesen könnyebbé vált (lásd alább), bár még mindig nem olyan egyszerű, mint a Cygwin használata. Van itt néhány régi bináris csomag is a Windows számára. Próbálja meg elkerülni, hogy emlékezzen arra, hogy Windows rendszerű gépet használ.

Használhatom a GROMACS-t Windows alatt?

1. Töltse le a GROMACS forráskódját, és csomagolja ki valahonnan. Ha kicsomagolja a GROMACS fájlt a C:\Users\<Felhasználónév>\Documents\ Gromacs mappában , állítsa be ezt a könyvtárat. Például létrehozhat egy "build" nevű könyvtárat, és beállíthatja ezt a helyet.

Hogyan tölthetem le és telepíthetem a GROMACS-t?

Gyors és piszkos telepítés
  1. Szerezd meg C és C++ fordítóid legújabb verzióját.
  2. Ellenőrizze, hogy rendelkezik-e a CMake 2.8-as verziójával. ...
  3. Szerezd meg és csomagold ki a GROMACS tarball legújabb verzióját.
  4. Hozzon létre egy külön összeállítási könyvtárat, és módosítsa azt.
  5. Futtassa a cmake-t a forrás elérési útjával argumentumként.
  6. Futtassa a make, make check, és make install.

Honnan tudhatom, hogy a GROMACS telepítve van?

A GROMACS helyességének tesztelése Az ellenőrzések futtatásának legegyszerűbb módja a GROMACS létrehozása a -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD segítségével, majd a make check futtatása . A GROMACS automatikusan letölti és lefutja a teszteket.

Hogyan futtathatom a GROMACS-ot egy szerveren?

Hogyan kell futtatni egy fehérje Gromacs-szimulációját
  1. 1. lépés: hozza létre a Gromacs bemeneti fájlokat.
  2. 2. lépés: állítsa be a szimulációs dobozt.
  3. 3. lépés: konfigurálja a szimulációt.
  4. 5. lépés: készítsen elő egy shell szkriptet.
  5. 6. lépés: töltse fel a fájlokat a szerverre.
  6. 7. lépés: Indítsa el és figyelje a munkát.
  7. 8. lépés: kérje le az eredményeket.

Molekuláris dinamikai szimuláció | Gromacs telepítés (Win&Linux)| Beginner Tutorial | Bioinformatika

37 kapcsolódó kérdés található

Mi az a GROMACS csomag?

A GROMACS egy molekuláris dinamikai csomag, amelyet elsősorban fehérjék, lipidek és nukleinsavak szimulációjára terveztek . ... A GROMACS az egyik leggyorsabb és legnépszerűbb elérhető szoftvercsomag, amely központi feldolgozó egységeken (CPU) és grafikus feldolgozó egységeken (GPU) is futhat.

Hogyan tölthetem le a GROMACS-t?

Alternatív megoldásként letöltheti és kicsomagolhatja a GROMACS regressziós tesztcsomagot http://gerrit.gromacs.org /download/regressiontests-2020.tar.gz tarball, és a REGRESSIONTEST_PATH speciális cmake beállítással megadhatja a kicsomagolt tarball elérési útját, amely majd tesztelésre használják.

Hogyan telepítsem a gromacs plumedet?

Telepítés Gromacs-Plumed A PLUMED a szabványos javítási eljárással beépíthető gromacsokba. A javítást a gromacs gyökérkönyvtárában kell elvégezni a cmake parancs meghívása előtt. Válassza a 2) gromacs-2016.3.

Hol van a gromacs telepítve?

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx a GROMACS telepítéséhez nem szabványos helyre (alapértelmezett /usr/local/gromacs )

Hogyan engedélyezhetem a GPU támogatást a gromacsokban?

Nem kell külön GPU-képes verziót karbantartania, vagy egyáltalán nem kell gondolkodnia rajta; csak próbáld meg engedélyezni a GPU támogatást, amikor Gromacsot fordítasz, ne felejtsd el kimondani, hogy "cutoff-scheme=verlet" az mdp fájlban , és működnie kell.

Honnan tölthetem le a Cmake for Windows programot?

Töltse le a CMake legújabb kiadását a http://www.cmake.org/download/ címen.
  1. Válassza a Windows (Win32 Installer) lehetőséget.
  2. Futtassa a telepítőt.
  3. Amikor kéri, válassza a „CMake hozzáadása a rendszer PATH-hoz minden felhasználó számára” lehetőséget.
  4. Futtassa a szoftvertelepítést.

Hogyan tölthetem le a Gromacsot Linuxra?

  1. Elkezdeni. Ha frissen telepítette az Ubuntut, ne felejtse el frissíteni a lerakat adatait és a szoftvercsomagokat a rendszerben. ...
  2. Telepítés. A Gromacs telepítésének első lépése a cmake beszerzése. A terminálba írja be: sudo apt-get install cmake. ...
  3. Könnyű módszer. ...
  4. Rendszeres telepítés.

Hogyan frissíthetem a Cmake-et?

3 válasz
  1. Ellenőrizze az aktuális verziót a következővel: cmake --version.
  2. Távolítsa el a következővel: sudo apt remove cmake.
  3. Másolja a szkriptet az /opt/ mappába.
  4. Tegye végrehajthatóvá a szkriptet: chmod +x /opt/cmake-3.*your_version*.sh.
  5. Váltson át a kívánt telepítési könyvtárba (például az /opt/ könyvtárba)...
  6. Futtassa: sudo bash /opt/cmake-3.*your_version*.sh.

Hogyan kell telepíteni az Fftw-t Windowsra?

2 válasz
  1. Szerezze be a 64 bites előre lefordított FFTW 3.3.5 Windows DLL-t.
  2. Importálási könyvtár létrehozása (.lib fájl)
  3. Nyissa meg a Visual Studio-t, és hozzon létre egy C++ konzolalkalmazást.
  4. Mondja meg a Visual Studionak, hogy hol találja meg az FFTW fejlécfájlt.
  5. Mondja el a Visual Studiónak, hogy hol található az FFTW importálási könyvtár.
  6. Készítsen mintaprogramot.
  7. Összeállítás.

A Gromacs ingyenes szoftver?

A GROMACS egy LGPLv2 alatt terjesztett ingyenes szoftver . 1, amely lehetővé teszi a kereskedelmi alkalmazásokhoz való kapcsolódást is.

Mi az a Charmm GUI?

A CHARMM-GUI, http://www.charmm-gui.org, egy webalapú grafikus felhasználói felület, amely komplex biomolekuláris rendszereket készít molekuláris szimulációkhoz . A CHARMM-GUI számos programhoz hoz létre bemeneti fájlokat, beleértve a CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond, OpenMM és CHARMM/OpenMM programokat.

Honnan tudhatom, hogy a Cmake telepítve van-e az Ubuntun?

Egyszer elég. Ha a cmake-t szeretné az Ubuntuban, egyszerűen futtassa a sudo apt-get install cmake parancsot, és már telepítve is lesz.

Mi az a GMX Grompp?

A gmx grompp ( a gromacs előfeldolgozó ) beolvas egy molekuláris topológia fájlt, ellenőrzi a fájl érvényességét, és kibővíti a topológiát a molekuláris leírástól az atomi leírásig. A topológia fájl információkat tartalmaz a molekulák típusairól és a molekulák számáról, az előfeldolgozó szükség szerint lemásolja az egyes molekulákat.

Hogyan telepíthetem a Packmolt?

A gyors három lépés
  1. Szerezze be a pdb/xyz/mol2 fájlokat a rendszer minden összetevőjéhez.
  2. Szerezzen be egy megfelelő packmol szkriptet.
  3. Futtassa a szkriptet a következő paranccsal: ./packmol < mix.txt.

Mi a Gromacs legújabb verziója?

Legújabb kiadások
  • GROMACS 2021 sorozat. Az aktuális verzió dokumentációja. A 2021.3 kiadás 2021. augusztus 18-án. Letöltés. Kiadási megjegyzések. A 2021.2 kiadás 2021. május 5-én. Letöltés. ...
  • GROMACS 2020 sorozat. Az aktuális verzió dokumentációja. A 2020.6 kiadás 2021. március 4-én. Letöltés. Kiadási megjegyzések. A 2020.5 kiadás 2021. január 6-án.

Hogyan idézi Gromacsot?

Kérjük, tekintse meg ezt a dokumentációt a következő címen: https://doi.org/10.5281/zenodo.5053220.... Mindazonáltal jobb, ha idéz (néhány) GROMACS-dokumentumot:
  1. Bekker et al. (1993)
  2. Berendsen et al. (1995)
  3. Lindahl et al. (2001)
  4. van der Spoel és mtsai. (2005)
  5. Hess et al. (2008)
  6. Pronk és mtsai. (2013)
  7. Pall et al. (2015)
  8. Abraham et al. (2015)

Milyen nyelven van írva a GROMACS?

Az ANSI C nyelven írt szoftver egy párhuzamos hardverprojektből származik, és kiválóan alkalmas processzorfürtök párhuzamosítására. A szomszédos keresés és a belső hurok teljesítményének gondos optimalizálásával a GROMACS egy nagyon gyors program a molekuláris dinamika szimulációjához.

A GROMACS ingyenes az ipar számára?

A GROMACS egy ingyenes szoftver , amely a GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.1-es verziója alatt érhető el. Ön újraterjesztheti és/vagy módosíthatja a Free Software Foundation által közzétett LGPL feltételei szerint; vagy a Licenc 2.1-es verzióját, vagy (az Ön választása szerint) bármely későbbi verziót.

Mi az a CP2K csomag?

A CP2K egy kvantumkémiai és szilárdtestfizikai szoftvercsomag , amely szilárd halmazállapotú, folyékony, molekuláris, periodikus, anyag-, kristály- és biológiai rendszerek atomisztikus szimulációira képes.

Mi a különbség a make és a Cmake között?

A Make (vagy inkább a Makefile) egy buildrendszer – ez hajtja a fordítót és más összeállítási eszközöket a kód felépítéséhez. A CMake egy buildrendszerek generátora. Képes Makefiles , Ninja build fájlokat, KDEvelop vagy Xcode projekteket, Visual Studio megoldásokat.