Készíthet filmet a pymol?
Pontszám: 4,3/5 ( 61 szavazat )A PyMOL filmkészítési koncepciója az, hogy pillanatfelvétel-információkat tárol az úgynevezett „kulcskockákkal” egy filmforgatókönyvön, és adott esetben interpolálja ezeket az információkat a kulcskockák közé.
Mit lehet csinálni a PyMOL-lal?
A PyMOL lehetővé teszi az Ön által létrehozott filmek mentését is . Automatikusan mentheti az MPEG fájlt vagy menthet egy sor PNG-fájlt – későbbi összeillesztéshez. Ez egy új parancs, és nem tudok róla túl sokat. Használja a Fájl=>Film mentése parancsot.
Hogyan exportálhatok filmet a PyMOL-ból?
Mentheti a filmet az "mpng" paranccsal , vagy mentheti a "Fájl" menüből.
Miért használjuk a PyMOL-t?
A PyMOL kiváló minőségű 3D képeket tud előállítani kis molekulákról és biológiai makromolekulákról, például fehérjékről . Az eredeti szerző szerint 2009-re a tudományos irodalomban a 3D fehérjeszerkezetekről publikált képek közel negyede PyMOL segítségével készült.
Milyen nyelvet használ a PyMOL?
A PyMol Pythonban van írva (innen a név) , egy kiterjeszthető szkriptnyelven. Ez a nyelv a PHENIX-et és a CCTBX-et fejlesztő csoport körében is népszerű. Ez azt jelenti, hogy a PyMol hozzáférhet a Python hatékony parancsfájl-funkcióihoz (azaz használhat Python szintaxist a PyMol-on belül).
PyMOL: Csináljunk FILMT!
A PyMOL használja Pythont?
Általános szkriptek. Az általános PyMOL szkriptelés Pythonban történik . Valójában nagyon egyszerű, csak írja be a függvényét (néhány egyszerű szabályt követve), majd a cmd használatával tudassa a PyMOL-lal.
Hogyan morfondírozol PyMOL-ban?
- első állapotból a másodikba.
- első állapot közvetlenül az utolsóig.
- első állapot utolsóig, minden közbenső állapot felkeresése.
- első állapot utolsóig, minden közbenső állapot felkeresése, majd vissza az első állapotba.
Ingyenes a PyMOL?
A nyílt forráskódú PyMOL ingyenesen elérhető . Azt is lehetővé teszi a szponzorok számára, hogy nagymértékben testreszabott PyMOL-telepítéseket hozzanak létre, amelyek nem biztos, hogy az MSI telepítővel lehetségesek. Az előre összeállított nyílt forráskódú PyMOL ingyenesen elérhető Christoph Gohlke-tól, a Laboratory for Fluorescence Dynamics munkatársától, Kaliforniai Egyetem, Irvine.
Hogyan készítsek jelenetet a PyMOL-ban?
Egyszerűen állítsa be az egyes nézeteket, majd ha készen áll, megteheti a Scene->Store parancsot a PyMOL menükből (vagy jelenet automatikus, tárolása a parancssorban, vagy a harmadik módszer Ctrl+PgDn (Fn+Ctrl+Lefelé nyíl Mac gépen)). Tegye ezt minden beállított nézetnél. Ha elkészült, a PgUp/PgDn megnyomásával görgetheti a jeleneteket.
Melyik a jobb PyMOL vagy kiméra?
A Chimera könnyebben használható kifinomult szerkezetelemzések elvégzésére, mint a PyMOL, ezért alkalmasabb lenne egy haladó szintű fehérjeszerkezet-elemzésre.
Hogyan mutatod ki a távolságokat a PyMOL-ban?
A hívási távolság argumentumok nélkül megmutatja a kijelölések (pk1) és (pk1) közötti távolságokat, amelyek szerkesztési módban vagy a PkAt egérművelet segítségével (általában CTRL-középső kattintással) állíthatók be.
Használhatom a PyMOL-t licenc nélkül?
Az esetleges védjegyprobléma mellett, mivel az eredeti PyMOL-t megengedő licenc alapján licencelték, bárki szabadon beépítheti a kódot bővítő kereskedelmi termékbe , amíg az eredeti kód szabadon elérhető.
Hogyan forgathatom a PyMOL-ban?
Ha lenyomva tartja az egér bal gombját, miközben a mutató a molekulán belül van, a kamera az X és Y tengelyek mentén forog. Ha azonban a mutató a molekulán kívül van, a kamera a Z tengely mentén forog . A PyMOL Viewing ablakban a molekulák megtekinthetők és közvetlenül kölcsönhatásba léphetnek velük.
Hogyan használhatom a Python-t a PyMOL-ban?
- Töltsön be egy fehérjeszerkezetet, például a PyMOL parancssorba beírva: fetch 1ubq.
- A bbPlane.py szkript hozzáadta az új bbPlane parancsot a PyMOL-hoz, írja be a PyMOL parancssorba, és nyomja meg az Enter bbPlane billentyűt.
Mi az a PyMOL API?
A PyMOL alkalmazásprogramozási felület (API) célja, hogy lehetővé tegye olyan egyedi szoftverek létrehozását, amelyek kihasználják a PyMOL molekuláris megjelenítési, manipulációs és renderelési képességeit.
Hogyan nevezzünk el egy láncot a PyMOL-ban?
pdb fájl PyMOL-ban. Kattintson a "Megjelenítés", majd a "Sorozat" gombra . Manuálisan kattintson és húzza végig azokon a maradékokon, amelyek láncnevét módosítani szeretné. A Z az a láncnév, amelyet a kiválasztott maradékoknak tartalmaznia kell, és bármilyen betűből állhat.
A PyMOL egy bioinformatika?
A PyMOL (Schrödinger, 2015) a bioinformatikai és szerkezetbiológiai közösségek egyik legnépszerűbb molekuláris grafikai programja .
Hogyan aktiválhatom a PyMOL-t?
Nyissa meg a PyMOL-t. A Súgó menüben görgessen le az „ Új licencfájl telepítése ” menüig. Megnyílik az „Aktiválás” ablak .
Hogyan futtathatom a PyMOL-t?
A PyMOL -t elindíthatja az alkalmazások menüjéből vagy az asztalon lévő ikonról (ha elhelyezett egyet). Alternatív megoldásként, ha meg szeretné változtatni az adatok alapértelmezett könyvtárát, egyszerűen megadhatja az új alapértelmezett könyvtár elérési útját a Pymol elindításához használt "parancsikon" "Indítás" mezőjében.
A PyMOL angströmben mér?
A PyMOL parancsokat biztosít két atom közötti távolság mérésére, vagy a felhasználó mérheti/listázhatja az atomokat rögzített távolságban. ... Begépelhetjük a következő parancsot, hogy megkapjuk a mért távolságot: 9.1 Å . A PyMOL egy sárga szaggatott vonalat mutat (mint a hidrogénkötések) és egy címkeszámot a távolság és a kapcsolat jelzésére.
Hogyan köthetek a PyMOL-ban?
kötés új kötést hoz létre két szelekció között, amelyek mindegyikének tartalmaznia kell egy atomot. Könnyen létrehozhat új kötést, ha kiválaszt két atomot, mindegyiket a CTRL-KÖZÉPES-EGÉR-GOMB segítségével, és beírja a "bond" parancsot a parancssorba .